El CIPF coordina un proyecto internacional sobre análisis del genoma
Su objetivo es crear una red de intercambio de conocimiento entre Europa y Latinoamérica
La Directora del Laboratorio de Genómica de la Expresión Génica del Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF) de Valencia, Ana Conesa, coordina el proyecto europeo DEANN que fortalece la colaboración entre Europa y Latinoamérica en desarrollo de estudios sobre el genoma.
Se ha celebrado la reunión que da comienzo al proyecto Marie Curie-IRSES denominado "DEANN" que tiene por objeto fortalecer las colaboraciones entre investigadores en el ámbito del análisis del genoma mediante el desarrollo de un programa de intercambio de investigadores. Su objetivo es la creación de una red de investigación Europea-Latinoamericana que mejore la excelencia científica y competitividad de sus miembros y que proporcione un marco de formación internacional y de calidad para estudiantes de doctorado y post-doctorales.
El proyecto establece una red de colaboración formada por 6 instituciones de investigación de la Unión Europea y 6 instituciones de Latinoamérica. Sus miembros: Centro de Investigación Príncipe Felipe (España), Universidad Pompeu Fabra (España), Sveriges Lantbruksuniversitet, (Suecia), Universita degli Studi di Udine (Italia), The Genome Analysis Centre (Reino Unido), University College London (Reino Unido), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (Argentina), Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (Argentina), Centro de Investigación de estudios avanzados del Instituto Politécnico Nacional (México), Instituto Nacional de Medicina Genómica (México), Fundação Universidade de Brasilia (Brasil), Instituto Antártico Chileno (Chile).
El proyecto permitirá 442 intercambios de estancias científicas entre investigadores y organizará Workshops y Summer Schools en el campo del análisis de datos de secuenciación masiva NGS (Next Generation Sequencing Technologies), que representan las tecnologías más punteras en el análisis del Genoma. El presupuesto total del proyecto es de 928.200 euros, siendo su duración de 4 años.
El proyecto DEANN abordará los retos de análisis de secuenciación de genomas tanto para su aplicación a la medicina personalizada como para aplicaciones biotecnológicas, agroalimentarias y medio ambientales. El proyecto, por ejemplo, estudiará la variación genética en poblaciones europeas y sudamericanas para encontrar genes de susceptibilidad a enfermedades, caracterizará la diversidad biológica en especies endémicas y desarollará métodos de almacenamiento y procesado de "Big Data" aplicado a las Ciencias de la Vida. También se prevé la participación en el proyecto de expertos en transferencia de tecnología para trasladar los desarrollos a la realidad social.
Con este proyecto se pretende reforzar los lazos de cooperación científica entre Latinoamérica y Europa para trabajar conjuntamente en los retos de investigación genómica del futuro.
El laboratorio de Genómica de la Expresión Génica trabaja en el estudio de los aspectos funcionales de la expresión génica a nivel de todo el genoma y su relación con las enfermedades y rasgos. Para ello desarrollamos métodos estadísticos y herramientas de software que analizan la dinámica del transcriptoma, integrando éstos con otros tipos de datos moleculares y anotándolos funcionalmente, todo ello más recientemente haciendo uso de las tecnologías de secuenciación masiva (NGS). Las áreas actuales de investigación son:
Patho-transcriptómica: Arquitectura del genoma y regulación de la expresión génica en bacterias patógenas (Chlamydia y Pseudomonas) y hongos (Aspergillus y Fusarium).
Genómica y epigenómica en Lupus Eritomatoso Sistémico.
Marcadores epigenómicos en neuroblastoma para el diagnóstico y el pronóstico.
Biología de Sistemas en el sistema inmune y su asociación con la leucemia.
El papel funcional de ARN largo no codificante y su asociación con la enfermedad.
La investigación genómica funcional se complementa con el desarrollo de software de bioinformática para el análisis de datos: Blast2GO (anotación funcional), Paintomics (visualización genómica), Qualimap (Control de Calidad de datos NGS), maSigPro y SEA (análisis de series temporales), minAS y ASCA-genes (análisis de la expresión génica) y NOIseq (análisis RNA-seq).
El laboratorio es actualmente coordinador de dos proyectos de investigación del 7PM: STATegra, para el desarrollo de herramientas estadísticas para la integración de datos ómicos heterogéneos y DEANN, una Marie Curie IRSES para el desarrollo de una red de análisis de NGS entre Europa y Sudamérica.
