El Príncipe Felipe cede su visualizador genómico al Consorcio de Genoma de Cáncer

El Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), a través de su Departamento de Genómica Computacional, ha desarrollado un visualizador genómico. Esta herramienta, denominada Genome Maps, permite analizar y visualizar la gran cantidad de datos relacionados con la investigación genómica sin la necesidad de descargarlos en el ordenador.

El CIPF ha cedido y colaborado en la integración de esta herramienta al Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer (ICGC) que actualmente almacena más de 8.500 genomas de más de 40 tipos de cáncer. Dentro de este proyecto, España participó el año pasado con la secuenciación del genoma de la leucemia linfocítica crónica.

La relativa facilidad de producción de datos genómicos está dificultando el análisis y visualización de experimentos de cáncer y otras enfermedades como consecuencia del enorme volumen de datos y de los requerimientos computacionales que ello conlleva.

Visualizador del CIPF
El Consorcio no disponía hasta ahora de la capacidad para visualizar datos genómicos de forma interactiva en un portal web y con el visualizador del CIPF ha sido posible. Esta herramienta era imprescindible para el éxito del proyecto del ICGC.

El ICGC reparó en el visualizador genómico Genome Maps, desarrollado en el CIPF, e inmediatamente contactaron para colaborar en el desarrollo del portal. El Departamento, compuesto por unas 25 personas, la mayoría de ellas mantenidas por proyectos competitivos tanto nacionales como internacionales, trabaja en desentrañar los mecanismos de enfermedades complejas (cáncer, enfermedades raras, etc.) usando para ello datos genómicos.

Dada la larga trayectoria del departamento en el análisis de datos genómicos, así como su conocimiento del problema biológico, sus investigadores ya eran conocedores del problema que suponía la visualización de datos genómicos desde hace tiempo, por lo que la unidad de Biología Computacional del departamento, liderada por Ignacio Medina, desarrolló el año pasado este visualizador genómico de nueva generación.

Lo realmente novedoso de este visualizador es la combinación de nuevas tecnologías, tanto por el lado del navegador del usuario como del servidor de datos, junto con un concepto original en cuanto a la forma de servir esos datos, inspirado en la forma en la que Google Maps funciona.

El usuario puede moverse por el genoma de cualquier cáncer como si tuviese toda la información en su terminal, ya que el servidor le permite visualizar de forma inteligente la porción del genoma que está viendo en ese momento y tiene preparadas las partes que es más posible que visite a continuación. De esta manera, no importa cuántos genomas se almacenen y cuanta información sobre ellos haya en el repositorio del ICGC en el futuro, ya que su visualización será ágil e interactiva.